A Aprosoja não atua nas responsabilidades individuais dos produtores: sua ação é orientada para ocorrer sempre em prol do coletivo, desenvolvendo ações e estratégias que possam beneficiar a maioria dos produtores do Estado. Seu trabalho é proativo e visa alterações e aperfeiçoamento em leis, decretos e marcos regulatórios, assim como busca manter participação ativa na formulação da política agrícola. Sempre que possível, atua em parceria com outras entidades para garantir que as instituições públicas e privadas cumpram seu papel na cadeia produtiva, respeitando as leis existentes. Seu modelo de gestão é baseado em Comissões de Trabalho – fóruns de discussão coordenados por membros da diretoria e profissionais de áreas específicas. Se relaciona com os produtores por meio dos Núcleos Regionais, proporcionando um trabalho que vai ao encontro das necessidades existentes em cada região. A Aprosoja incentiva a organização dos produtores de soja e milho nos núcleos , promovendo um contato direto e constante com as bases por meio de seus Delegados locais.

A estrutura organizacional da Aprosoja é constituída inicialmente pela Assembleia Geral, que é composta por todos os produtores de soja e milho associados. O Conselho de Representantes é composto pelos Delegados das regiões, pelos Diretores e Conselheiros (Fiscal e Consultivo). Os Delegados têm a função de representar localmente a entidade e trazer as demandas do campo para a criação de projetos, norteando as ações. A Diretoria da entidade é composta pelo presidente, por quatro vice-presidentes regionais, pelo diretor administrativo e seu suplente, e pelo diretor financeiro e seu suplente. Já o Conselho Fiscal é formado por três titulares e três suplentes, e tem o objetivo de fiscalizar as contas da entidade. O Conselho Consultivo é representado pelos ex-presidentes da entidade e pelo presidente em exercício da Federação da Agricultura e Pecuária de Mato Grosso (Famato). Os colaboradores que atuam de forma integral para a entidade formam a Secretaria Executiva, com base em Cuiabá. Fazem parte ainda do staff da Aprosoja os supervisores de projetos, profissionais contratados para atender in loco os produtores associados nas principais regiões produtoras.

1ºFortalecer a entidade, através da fidelização dos produtores de soja e milho do Estado, excelência em gestão, governança e independência financeira.

2º Fortalecer a imagem da produção e do produtor rural como agentes fundamentais do desenvolvimento social, econômico e ambiental.

3º Articular a criação, o aperfeiçoamento e a aplicação de políticas públicas com o objetivo de reduzir custos logísticos, de modo a garantir a competitividade do escoamento da produção agroindustrial do estado.

4º Articular a criação, aperfeiçoamento e a aplicação de políticas agrícolas voltadas à melhorias no crédito, comercialização, tributação e renda do produtor.

5º Articular a criação, o aperfeiçoamento e a aplicação de políticas públicas voltadas às áreas de pesquisa agronômica, insumos de produção e demais itens envolvidos na produção agrícola.

6 º Articular a criação, o aperfeiçoamento e a aplicação de políticas públicas e privadas voltadas às áreas trabalhista, ambiental e fundiária que impacte as propriedades rurais.

7º Realizar e apoiar projetos de campo que contribuam para a melhoria da gestão, aumento da rentabilidade e diminuição dos riscos na atividade agrícola.